PWM mit AT90S2313 hardware oder software mäßig?

Hallo,
ich habe einen Atmel AT90S2313 in meinem RC-Car, der die Signal von der Fernsteuerung auswertet und damit Funktionen schaltet (Hupe, Scheinwerfer, Blinker und Unterbodenbeleuchtung). Die Untebodembeleuchtung ist 2farbig (rot&blau) und ich möchte über PWM von der einen Farbe in die andere über gehen. Also brauche ich an 2 Pinn´s PWM. Im Datenblatt habe ich gelesen, dass der AT90S2313 nur einen Hardware PWM Pin hat! Also fällt hardware PWM wohl aus oder?!

Wie ist das mit Software PWM um die Fernsteuerung abzufragen habe ich den waitbefehl benutzt:

Do
If Pulsbreite1 > 140 Then
Toggle Portd.3
Waitms 400 ' um nicht mehrfach zu schalten
End If
Loop

Stoppt die PWM und damit auch der Lichtübergang von rot nach blau wenn das Programm gerade am Schalter abfragen ist (also Waitms 400)?

vielen Dank,

Tobias