nach Flashen schließt sich der USB-Anschluss

Hallo,
nun habe ich das eine Problem gelöst, wartet schon das nächste:
Ich habe in meine kleine Software eine USB Vendor Funktion nach dieser Vorlage "http://asf.atmel.com/docs/3.24.2/uc3a/html/udi_vendor_quickstart.html"
implementiert. Ich kann den Build im AS 7.0 ohne Fehler und Warnungen durchführen.

Ich bin davon ausgegangen, dass ich mit dieser Funktionalität via USB auf den µC zugreifen / kommunizieren kann.

Wenn ich mit dem Flashen meines Programms (was auch fehlerfrei funktioniert) fertig bin, schließt sich der USB-Anschluß und in Windows ist das Board bzw. der µC in der Hardware nicht mehr zu finden.

Das wiederum stellt mich vor die Frage:
Muss ich da etwas beachten, oder ist diese UDI_Vendor... Lödung die falsche für mein Vorhaben??

Da Newbie auf diesem Gebiet wären ausführlichere Antworten sehr hilfreich....

Vielen Dank im Vorfeld und guten Rutsch!