Also wenn Du die Inkrementalgeber direkt mit den Rädern koppelst hast Du 3341 U/min à 100 Impulse/Umdrehung macht 568,3 Impulse/Sekunde. Das geht ganz locker mit dem INT0. Die Interruptroutine ist ja sehr kurz: Variable um eins erhöhen. Dauert in Assembler maximal 10 Takte Laden, inkrementieren und speichern. Bei 20MHz Takt wären das z.B. 500 ns. Da bleibt also noch viel Luft. Wichtig ist, dass alle ISRs insgesamt so kurz sind, dass die Zeit für zwei aufeinander folgende Inkremente nicht überschritten wird, in Deinem Fall also: 1.76ms.
Bedeutet, innerhalb von 1.76 ms müssen alle ISRs abgearbeitet sein, damit Dir keine Inkremente verloren gehen. Das ist natürlich nur für den schlimmsten Fall angenommen, dass alle ISRs ständig und nacheinander abgearbeitet werden.