Die Rangfolge der Interrupts ist im Datenblatt angegeben. Die externen kommen ganz als erstes, danach meist die Timer und dann der Rest.

Man kann die Timer auch so einstellen, dass sie vom externen Signal getaktet werden (Pin T1). Dann wird also bei jedem Impuls das Zählerregister weitergezählt. Währenddessen kannst du es jederzeit ohne Störung des Zählvorganges abfragen, und wenn das Register überläuft, kann es das per Interrupt melden...