Bei den Dioden geht es darum, ob sie wie im Schaltplan sitzen. Die Dioden parallel zum Motor führen den Motorsstom weiter wenn der Transistor abschaltet.
Sie führen Leistung zur Quelle zurück. Wenn der Motor mehr Leistung aufnehmen soll dann kann man die PWM später abschalten. Das passt schon so.
Ich hätte allerdings die BYW81 als fast rectifier eher am Motor eingesetzt und die 1N5400 die ja nicht im PWM Takt schaltet an den Transistor (wenn überhaupt).

Wenn die Schaltung in Ordnung sein sollte kommt auch der Motor noch in Betracht (mit Windungsschluß), dazu ist es gut zwei Motoren vergleichen zu können. Haben sie die gleiche Leerlaufstromaufnahme? Wie groß ist sie?
Manfred