Ja, mit KontrollerLab kannst Du den ISP MK II verwenden. AvrDude unterstützt diesen Programmierer. Als Programmieradapter (neben "Specify Programmer type" im Menü "Project"->"Programmer Configuration"->"AVR DUDE" Tab) musst Du avrispmkII einstellen, und den AvrDude als Programmier-Tool einstellen. dann sollte es gehen.

viele Grüße,
cadManiac