Der Motor kommt ja zwischen die +12V und den Kollektor (bzw. Drain).
Die Diode wird parallel dann parallel zum Motor angeschlossen und zwar mit der Kathode an die Versorgungsspannung. Wenn der Motor eingeschaltet ist muss die die Diode sperren, sonst würde sie ihn ja kurzschließen.

Solche Freilaufdoden (die preiswerten 1N4004 sind meist ausreichend) solltest du bei allen induktiven Lasten, z.B. Relais, Motoren oder wo sonst noch Spulen drin sind immer verwenden, um die angeschlossenen Transistoren oder IC's vor Überspannung zu schützen.