Ein ATMEGA16 kostet bei Reichelt 2,75€. Ist also nicht teuer. Du musst dir nur noch ein ISP-Dongel bauen oder bei robotikhardware.de kaufen. Einen Schaltplan zum Selbstbau gibt es hier.
Eine allgemeine Einführungen id die welt der AVRs hier.
Du kannst den µC über den LPT-Port proggen und eine Kommunikation kann man ganz leicht über RS232 aufbauen.

jon