hä???? das sind doch Spulen, bei denen KANN es gar keine Polung geben!!!

Bist du dir sicher, dass du den Transistor richtigrum angeschlossen hast (guck nommal ins datenblatt)

Oder die Diode falschrum drin?

Wieviel Volt hat denn der Ausgangspegel an deinem Atmega, wenn er auf "high" liegt? wenns mehr als 5V sind, sollte es eig, kein prob sein