Also wenn die µCs definitiv im Eimer sind obwohl es gewisse Zeit funktioniert hat, dann ist eher die Hardware problematisch. Ich würde die Versorgung prüfen, sämtliche Rs nachgemessen und alles abstöpseln, was nicht gebraucht wird. Außerdem die TWI Leitungen oder besser gleich alle so kurz machen wie möglich, vielleicht sogar schirmen. Vielleicht noch eine Metallplatte unterlegen, wegen Störungen, falls das Board sowas nicht eh' schon hat.
Was hängt eigentlich an den Ports? Vielleicht fließt da ja zu viel Strom...
Mehr fällt mir auf die Schnelle nicht ein.
Gruß