Laut Überprüfung mit dem Oszi auf dem PC, lag exakt das selbe Signal nach dem Optokoppler an.
Bei einem 1-Kanal Oszi, den man nacheinander an Eingang und Ausgang des Optokopplers hängt, würde man ja anhand der Signalform eine Invertierung nicht zwangsläufig erkennen ...

Aber: Das ist ja banal.
Ne, ich weiß auch nicht, was da bei dir los war.

Aber: Emitter an 3,6V und Kollektor an Eingänge? Das dürfte eigentlich nicht geklappt haben.
Emitter müßte an GND, Kollektor an Eingang, dann noch ein Pullup an +3,6V. Dann invertiert der Optokoppler je nach Eingangsbeschaltung.
Oder: Kollektor an +3,6V, Emitter an Eingang Sensor und Pulldown-Widerstand an GND. Da wird nicht invertiert.

Gruß Dirk