Die Kondensatoren waren für die AD Eingänge gemeint. Der Grund dafür ist, dass die AD Eingänge eigentlich für Quellen mit einem Widerstand kleiner als 20 kOhm gedacht sind. Mit dem extra Kondensator geht es dann auch noch mit höheren Widerständen.

Der Kondensator an AREF solle auch besser ran, ist aber nicht so wichtig, wenn die Spannung sonst stabil ist.