Der Kondensator hängt zwischen (VSS1 + VSS2 = Masse) und VDD = 3,3V.
Achja, was noch sehr interessant wäre - wie betreibst du die SD-Karte? Direkte Anschaltung an den AVR, der mit 3,3V betrieben wird oder Adapterschaltung (Widerstände oder Baustein) von 5V auf 3.3V....
Mit Widerständen für die Pegeladaptierung habe ich keine gute Erfahrung gemacht - betreibe den AVR auf 3,3V nur mit kleiner Anpassung an DO der SD-Karte (2x1k Widerstände + 3,3V Z-Diode) für die Programmierung des AVR über SPI.
Dass sich dein Programm nach gewisser Zeit aufhängt ist denke ich irgendein Überlauf einer Variable...

der DS1337 hat einen Sekundentakt (einstellbar) der die die Arbeit mit den Timern dann abnimmt.