in 24h weniger als 1 Sekunde Abweichung ist soweit im Rahmen, die Quarze haben auch Abweichungen, z.B. über Temperatur.

Ja, der Quarz läuft programmunabhängig, aber der Timer Interrupt nicht.
Wenn Ein AVR in einer Interruptroutine drinnen ist ignoriert er weitere
Interrupts bis diese abgearbeitet ist.
Dauert eine Interruptroutine länger als eine Sekunde wird diese verschluckt.
Aus diesem Grund hält man Interruptroutinen immer sehr kurz.