Könnte es sein, dass der Motortreiber, nachdem er durchgebrannt war, die Motorspanung (ca.10V) zu den Steuerpins (eben den betroffenen!) durchgestellt hat und so die Pins geschrottet hat?
Wäre möglich.
Wenn ein Treiber-IC völlig abbrennt, kann alles mögliche passieren.

Einen kompletten Schutz gibt es nicht bzw. man müßte eine Schutzschaltung für jeden Pin nehmen.
Als Einfachstes: 470 Ohm Widerstand in Reihe an jedem Pin.

Gruß Dirk

P.S.: C. ist ja eigentlich recht kulant. Umtauschen?