hmmm ich kann leider nicht abschätzen, wie sich mehrere Timer (negativ) gegenseitig beeinflussen.

Bei 8-Bit Timern hätte ich Angst, dass sich die häufigeren Aufrufe beider Schrittmotoren gegenseitig ins "Handwerk" fuschen.
Außerdem steigt so die komplexität des Codes, ich müsste ja die beiden Timer wesentlich komplexer gegenseitig kompensieren (Eine Interrupt-Abartbeitung verzögert die des anderen) (soweit das überhaupt möglich ist).

Derzeit laufen die Motoren im Halbschritt = 400Schritte / Umdrehung. Der eine Motor hätte dafür eine Drehzahl von 3-4U/s -> *400 = 1600 Impulse - kommen noch die Wartezeiten (Ein-Aus) hinzu - werden daraus (habe ich vergessen) sogar 3200 Interrupts/sekunde.
Den Timer verwende ich auch für die Berechnung der Ein-Zeiten um ein maximal langen Ein-Impuls an der Schrittmotorendstufe zu haben.

[EDIT]
Danke für den Tip mit dem Simulator - konnte so genau die Zeitlich gemessene Differenz berechnen/ermitteln - also das haut sehr genau hin.

Jetzt muss ich den Code noch optimieren:
Bei maximaler Drehzahl beträgt der Timer 0.4ms - die Rechen-Verzögerung beläuft sich dabei auf 0.12ms zusätzlich!