Klingt hart , aber ich würds nochmal machen, also alles Rib Up und von neuem. An deinem alten Board kannst dich zwar orientieren, aber Leitungen komplett neu machen. Blauer Layer als GND Fläche nutzen. d.h. so lange wie möglich auf dem roten Layer bleiben. Wenn du "Nähen" musst, also Layer wechseln, dann nur kurz auf dem blauen Layer routen und dann schnell wieder zurück, wenn es dabei geht, so wenig wie möglich "nähen". Du hast Leitungen da wechselt du bis zu 6 mal den Layer.
Je weniger du auf blau routest, desto durchgängiger die GND-Fläche.
Das Problem mit der GND des Schaltreglers und dem GND des restlichen Schaltkreises kannst du so lösen, indem du zwar ein großes Polygon für die ganze Platte machst, aber es geziehlt an einer Stelle so verängst das eine Art Rohr mit 2-3 mm Dicke entsteht, dieses Rohr ist dann der Übergabepukt. Sieht dann so aus als ob zwei große Kisten mit einem Draht verbunden wären. Als Abstand zwischen den Flächen kannst dann so 0,2 mm wählen.
Um eine geschicktere Leiterbahnführung zu haben, lohnt es sich manchmal sogar im Schaltplan die Verbindungen zu ändern, vielleicht bringt das bei dir auch was, denn Software ist eher änderbar und da ist es z.B. wurscht ob an pin C3 oder an Pin D5 die Led zum blinken hängt.