Ich pack auch nochmal mein Senf dazu .
Einen Servo als solchen steuerst du per PWM an. Nun hast du ja nicht einen Servo, sondern ein BL Motor. Wenn ich dich richtig verstehe, willst du mit dem IOIO Board und dem Regler ein Brushless-Regler selbst entwerfen !?!? Oder !?!? Ansonsten guck mal hier:http://www.mikrocontroller.com/de/KopterBL.php

Ich glaube mit dem "Servoprotokoll" könnte PPM gemeint sein. http://www.mftech.de/ppm.htm oder http://www.aerodesign.de/peter/2000/PCM/PCM_PPM.html. Dann hätten wir hier im RN-Wissen auch ein Artikel hierzu: http://www.rn-wissen.de/index.php/RC-Empf%C3%A4nger_auswerten.
Das ist aber was ganz anderes als PWM, wobei die Knüppel-Stellung PWM codiert ist, aber bei dem PPM halt noch weitere Informationen hinzu kommen.