...ich denke, dass Dir Deine Spannung aus Überlastung zusammenbricht und dadurch der Controller nicht mehr korrekt arbeitet. Entweder zieht der Motor für Deine Spannungsquelle zu viel Strom oder Du hast evtl. etwas falsch verdrahtet.

Dass man Controller und Leistungsstufe unbedingt getrennt anschliessen muss ist nicht richtig.