Das klingt noch nach einem Problem mit der Schaltung. Betreibst Du den MC auch mit dem Akku? Falls nein, musst Du die Minuspole der beiden Stromversorgungen verbinden, damit sie ein gemeinsames Potential haben.
Der MC wird noch über das STK500 betrieben, somit haben sie kein gemeinsames Potential.
Das wäre nur eine Möglichkeit. Es gibt auch andere Möglichkeiten den Strangstrom zu messen und auszuwerten. Eine davon ist das IC L297, das die Auswertung des Strangstroms umsetzt und gleichzeitig auch das Muster der Strangströme für Halb- oder Vollschrittbetrieb generiert (was Du momentan in Deinem Code machst). Die Schaltung ist
hier in Kombination mit dem Treiber L298 kurz beschrieben, zum genaueren Verständnis holt man sich am besten die Datenblätter der ICs von
www.st.com . Als dritte Variante kann man natürlich den Strom auch über seperate Komparatoren auswerten und als Digitalsignal an den MC senden oder direkt auf den enable-Eingang des L6205 geben.
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