ich habe schon etwas an Erfahrung mit schnellen Pin-Abfragen, und was das angeht: lass die Finger vom Raspi.
Der hat nur 2x Hardware-PWM (allerdings etwas holpriges Software-pwm auf allen Pins), dennoch sind Echtzeit-Encoder-Abfragen direkt nicht möglich (>1000 Flanken pro sec.) - langsame Encoder klappen.
Auch die Kommunikation vom HAT oder Sensor-Shield zum Raspi hin und her ist begrenzt.

Dann also lieber keinen Raspi, sondern eher einen Due, der kann immerhin auch Multitasking.