Ich gehe mal von Dieser Grundschaltung aus.

Pufferkondensatoren ( C2 und C4) ausreichend dimensioniert?
(wichtig!! weil- ohne Kondensatoren bricht Dir bei einem Schritt evtl. kurzzeitig die spannung zusammen, was bei dem Enable Pin des L297 einem aus-und-einschalten gleich kommt. Dabei kommt das gleiche verhalten heraus was Du beschreibst).

Sämtliche GND miteinander verbunden?

(ich weiss, Fragen über Fragen) Aber wenn´s laufen soll !