Tja, seh nur das eine Problem, daß der Zähler ja ein INT ist, also zwei Bytes verglichen werden müssen, und beim dekremetieren ebenso.
da kann es schon ein durcheinander geben.
Probier mal so: in der ISR solange dekrementieren, bis Null ist, dann den Timer disablen.
In der While(1) fragst du nur, ob der Timer noch läuft (TIMSK)
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