Ich verstehe jetzt nur noch Bahnhof.
Das ist grundsätzlich in Ordnung. Der jeweilige Motor kriegt immer dann Strom ab, wenn die beiden Eingangspaare Input1 / Input2 sowie Input3 / Input4 mit jeweils gegensätzlichen Pegeln angesteuert werden. Wenn du beide Eingänge gleichzeitig mit PWM befeuerst, dann ist es nicht mehr so ganz einfach vorherzusagen, was passieren wird.
Nein, nein, so lange die Signalpegel im erlaubten Bereich sind, kann man die nicht durch die PWM beschädigen. Wohl aber ist eine Überlastung der Treiberstufen denkbar, wenn beständig Strom in die eine Richtung durch den Motor angeschoben wird und mit der nächsten Umpolung der Treiber Bremsstrom durch den Motor treibt, der höher werden kann als der Blockierstrom.