Ein vergrößern der Entstörkondensatoren allein wird nichts bringen, dafür sind die Kondensatoren einfach viel zu klein. Was eventuell etwas bringen könnte wäre eine Drossel zwischen Fahrtenregler und Motor. Allerdings müsste die Drossel schon recht groß (ggf. ähnlich groß wie der Motor) sein für den hohen Strom (wenigstens den Leerlaufstrom) und die relativ niedrigen Frequenzen im Audiobereich.
Eine andere PWM Frequenz wäre der logischere Weg. Da könnt man auch erst einmal mit einem anderen Fahrtenregler oder einer PWM Steuerung testen welche Frequenz passt. Beim bestehenden Fahrtenregler lässt sich die Frequenz vermutlich nicht ändern, das wäre eine Ausnahme.
Zur akustischen Dämpfung am Motor geht es mehr um den Körperschall, als Luftschall direkt vom Motor. Da reicht dann ggf. eine Art Aufkleber auf dem Motor, oder etwa ein Stück Blech (auch Eisen ist erlaubt), dass mit Doppelseitigem Klebeband und ggf. zusätzlich einer Schlauchschelle befestigt ist. So ähnlich kann man auch durch eine dünne (0.2-1 mm) Zwischenlage am Flansch die Weiterleitung an das Gehäuse reduzieren. Da eine direkte Messung schwer ist, wird man da etwas probieren müssen. ohne Garantie dass es viel bringt.
