In einer Matrix steuerst Du natürlich die Spalten nicht alle gleichzeitig an, sondern nacheinander und aktivierst jeweils die Zeilen, deren LEDs in der jeweils angesprochenen Spalte leuchten sollen
Schieberegister kannst Du selbstverständlich nehmen, wie schnell die Daten midiseitig reinkommen ist doch ziemlich egal und hat mit der Ausgabe nichts zu tun. Ich lese die Daten auch interruptgesteuert ein und je nach Note speichere ich deren Wert an eine Adresse und setze den Speicher für "ihre" LED auf einen voereingestellten Wert. Eine zweite, timergesteuerte Interruptroutine dekrementiert dann sämtliche gesetzten Speicher in 10ms-Abständen und sorgt dafür, dass alle LEDs, deren Speicherstellen ungleich Null sind, leuchten.