Das entscheidet nicht AVR-Studio, sondern dein Makefile.

Dort kannst du ein .PHONY Target machen und dieses zu all dazunehmen:

Code:
.PHONY machs-mir

all: machs-mir ...

machs-mir:
	# Das hier wird immer ausgeführt, wenn auch all gemacht wird
Achte auf die TABs!