Ich würde die Schuld auf den Billig-ISP schieben. Irgendwie scheinen die Ponyprog-kompaktibelen ultra-low-cost-ISPs ab und an mal nen AVR zu verpfuschen, es tauchen ja ständig diesbezügliche Threads auf.
Externen Takt hast du schon probiert?

Aber an den verschiedenen Spannungen könnte es auch liegen... kommt drauf an, wie das Ganze nun tatsächlich verschaltet war, das ist mir noch nicht richtig klar geworden. Wenn aber der ISP 5V auf einen Pin gibt, der AVR aber nur auf 3,3V läuft, dann fließt ordentlich Strom durch die Überspannungsschutzdioden. Und je nach Strom könnte das durchaus kurzfristig gut gehen, aber dann steigt die Temperatur so weit, dass irgendetwas in der Eingangsstufe beschädigt wird. Folge: Pin ist tot, programmieren unmöglich.

Bei allen nicht-5V-Schaltungen sollte man eigentlich nur ISPs mit automatischen Levelshiftern einsetzen.