6 V 4 Ah oder 7,2 V 3 Ah sind ziehmlich gleich viel Energie. Meistens sind die Bleiakkus größer und schwerer. Je nach Motortreiber/Motor wäre es auch sinnvoll die Akkus hintereinanderzuschalten als 12V bzw. 14.4 V. Bei der höheren Spannung hat man einen etwas besseren Wirkungsgrad.
Wenn man nicht grade eine Schaltregler nimmt, hat man zwar dann beim Controller mehr Verlust, aber den meisten Strom werden die Motoren brauchen.

Für Servos sind natürlich die 6 V recht praktisch.