Hallo vajk,
das automatische Einrücken erreichst Du im Menü Extras->Einrückung. Bei Kdevelop Einstellungen Editor Einrückung.
avrdude wird bei mir im Make aufgerufen. Ich rufe dann einfach " > make program" auf.
Ich arbeite auch normalerweise in einem Verzeichnis. Soviele und so große Projekte habe ich nicht. Aktuell sind es z.B. 50k auf 10 Dateien.
Aber normalerweise ist das bei kate so, daß Du immer in dem Verzeichnis bist, wo sich die Datei befindet, die gerade editiert wird. Ein cd auf der Konsole braucht es dabei eigentlich nicht. Das ist ja gerade das praktische dabei.
Eclipse ist mir auch zu viel Overkill.

Gruß
pctoaster