um nochmal auf das programm zurückzukommen

wie genau meinst du dass mit "der ausgang ist auf low" ?
leuchtet die LED oder leuchtet sie nicht ?
wenn sie nicht leuchtet ist der ausgang auf high, denn die LEDs sind low active beschaltet

um nochmal auf das problem mit dem programmieren zu kommen, versuchs mal wie valentin schon sagte mit externem takt vom onboard quarz, trenne alle AREF, verbinde VTARGET

versucsh mal mit "High Voltage Programming" wenn alles nichts hilft, DAS hilft auf jeden fall, findest in der AVR Hilfe gleich nach ISP Programming