"oder ist der Bootloader vom RP6 nur auf USB zugeschniten? " - Der ist gar nicht auch USB zugeschnitten, sondern auf die Kommunikation via RS323, das Problem dabei ist folgendes:
Der PC hat die Pegel -12V und +12V
Der RP6 hat die Pegel 0 und +5V (nennt sich TTL-Pegel)
Um den PC-Pegel auf den vom Roboter anzupassen braucht man einen RS323-Pegelwandler oder du nimmst die Schaltung von mir (siehe link den ich dir gegeben hab)
Dann kannst du ihn ohne irgendeine Veränderung den RP6 über die RS232 des PC's programmieren, du musst nur den USB-Treiber für das Interface wieder deinstallieren, damit der RP6Loader im RS323-Modus startet
(genau um das geht es in dem link)

Das Teil, dass du beim Programmieren zwischen den RP6 und dem USB-Anschluss klemmst ist eine RS323 Schnittstelle mit TTL-Pegel (0V und +5V), die man mit USB ansteuert.

Das mit dem Hex via HTerm versenden wird so warscheinlich nicht gehen. Wie das ganz genau geht weis ich nicht, sonst hätte ich es schon mit FreeBASIC realisiert, um Programme im Programmers Notepad per Tastenkombination hochladen zu können.
Aber du kannst dann ja immer noch den RP6Loader nehmen