Ich weiss nichts von den Nibo Botfamilie (wie die ATMega128 in dem schaltung sitzt). Aber den XBee pins darfst du nicht mit mehr als 3.3v betrieben. Sonnst geht es Kaput auf der weile. Wen du mit 5v Spannungen arbeitest muss du einer Niveau Wandler machen. Ich benutze ein einfache Schaltung fuhr mein Asuro (4.8v-5v). Den XBee RX pin ist mit ein pull-up widerstand mit 3.3v verbunden. Und auch mit den Anode einer signal diode. Der Kathode ist mit den Atmega TX Pin verbunden. Dadurch kann kein Strom fließen durch den Diode zu dem XBee wann die Leitung hoch ist. XBee RX bleibt an 3.3v durch den pull-high widerstand. Aber die Atmega128 TX pin kan es doch zu 0v ziehen womit den XBee ein 0 Bit/Pegel erkannt.

Den XBee TX pin ist mit 3.3v hoch genug für den Atmega RX pin das es ein "1" bit/ pegel erkennen kann. Nur aufpassen das dieser pin niemals als ausgang geschaltet wird in deinem program.