Ich schätze mal, dass der AVR über seine Clamping dioden versorgt wurde. d.h. SCK geht ja beim programmieren immer wieder auf high. Dadurch gelangt der Strom über interne Schutzdioden vom AVR auf VCC. wahrscheinlich hast du auf VCC auch noch ein paar Kondensatoren und die speichern dann die Spannung bis SCK das nächste mal auf high geht. Dann liegen da zwar nicht 5 V an. aber immer noch genug, um den AVR mit Spannung zu versorgen und dass du ihn programmieren kannst.
Bernhard
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