Die Liste passt eigentlich so.
µC brauchst du eigentlich nur einen (wenn dieser genug Leistung hat für Dos,...)
Fassung nicht zwingend aber von Vorteil (sollte etwas sein kann man leicht tauschen bzw neu programmieren,...)
zum D-P001 kann ich leider nichts sagen
bei der Platine ist es besser zuviel zu haben als zu wenig (wobei man auch noch nachkaufen könnte)
Quarz brauchst du nicht da der µC einen Taktgenerator eingebaut hat (interner RC Taktgenerator)
Schaltwandler würde ich vorziehen (wegen der Effizienz, außer du willst auch noch eine Heizung für den Winter), bei ELV gibt es den SBC300, der kostet nicht viel und wandelt Spannungen von 0,3V bis 5V auf 5V (Anlaufspannnung 0,5V), dadurch kannst du die Batterien bis aufs Letzte "aussaugen"
Schalter brauchst du eigentlich keinen. Ich würde aber einen für die Versorgung einbauen (Akku/Batterie von der Schltung trennen). Ansonsten würde ich nur Taster oder einen Inkrementalgeber einbauen, mit dem du die Einstellungen änderst. Beim Display würde ich die Beleuchtung mit dem µC abschaltbar machen (über Transistor oder besser Fet). Sobald am Einbabefeld (Taster, Drehgeber,...) eine Änderung erkannt wurde kannst du das Display einschalten. Eventuell Helligkeitsgesteuert (mit Umgebungshelligkeit), das ist aber eine Spielerei.
Anschlussklemmen verwende ich eigentlich nur diese Schraubklemmen (bzw mit anderer Pinzahl), wobei diese ein RM von 5mm besitzen. Ich würde auf jeten Fall Klemmen benutzen, zumindest zu Bauggruppen die man entfernen kann (Anemometer wenn diese nicht direkt an der Anzeigeeinheit sitzt, Akku,....), einzelne Modulbaugruppen (z.B. Display) würde ich mit Stiftleisten/buchsen mit dem Mainboard verbinden, wenn diese nicht fix am MB montiert ist. Ich würde aber die gesamte Schaltung in Module aufbauen (z.B. Schaltregler, Mainboard, Display, Tastatur,...). Somit kann man einzelne Module im Fehlerfall einfach tauschen bzw zum Testen entfernen.

Das Programm habe ich noch nicht angeschaut. Werde ich bei Gelegenheit machen. Wobei ich noch nie mit AVR-Dos, Fat, o.Ä. gearbeitet habe.

MfG Hannes