Du kannst Dir ja mal das http://www.freertos.org mal anschauen...

Wenn Du Variablen im Interrupt und in Deiner normalen Schleife manipulierst, musst Du unbedingt dafür sorgen, dass die Manipulation in Deiner Schleife atomic ist... Das heißt konkret, jede Manipulation einer Variable, die auch im Interrupt verwendet wird, darf nicht durch einen Interrupt unterbrechbar sein. Das erreichst Du, indem Du alle Interrupts vor der Bearbeitung sperrst und anschließend wieder frei gibst...
Ich habe das auch schon vergessen und mich hinterher über merkwürdiges Verhalten gewundert...

Liebe Grüße,
Jürgen