Was genau ist durchgebrannt? Der Atmega??
Kann mir eigentlich nur vorstellen das Du Gnd und +5v vertauscht hast oder was leitendes unter der Platine liegen hattest.
Deine Schrittmotorkarte hat ja Optokoppler in den Eingängen die mit 5V betrieben werden - schreib mal was für Typen da verbaut sind.
Kann mir aber beim besten Willen nicht vorstellen das die mehr als 40mA ziehen! 40mA ist die maximale Pin Belastbarkeit des Atmegas.