Wenn der meiste Teil eh auf dem PC passiert, würde ich eher auf einen µC verzichten und mir gleich ein Schrittmotorboard suchen, dass sich über USB ansteuern lässt. Wenn du ein bisschen Geld hast, kannst du ja mal bei Trinamic vorbeischauen, die haben dort High-End Schrittmotortreiber, die auch selbstständig Strecken mit Be- und Entschleunigungsrampen fahren können, alles über serielle Signale über verschiedene Schnittstellen. Hängt aber auch davon ab, wie du dir dein Projekt so vorstellst und was dein Aufbau alles machen muss (und was du alles selber machen magst). Ist aber bestimmt nicht schlecht, verschiedene Lösungsansätze für deine Aufgabe zu sammeln. DIE Lösung wird dir keiner anbieten können, eigentlich lassen sich alle Probleme auf viele verschiedene Arten lösen. Du musst aber dich selber damit beschäftigen, welche die beste UND praktikabelste Lösung für dich darstellt. Das wird dir wahrscheinlich keiner abnehmen können, wir können dich hier nur unterstützen.