Wie machst du das mit dem "fern-Compilieren"?
Greifst du über VNC auf den Bildschirm des Raspi zu?
Dann lässt sich das Problem mit der Auflösung ganz einfach beheben, imdem du dem Raspi nen grösseren Bildschirm einstellst.
So hab ich das bei den Zeros auch gemacht...funktioniert einwandfrei.

Das andere Problem: evtl. nen USB-Verteiler benutzen?
Dann müsstest du doch in der IDE auswählen können, welcher USB-Port "bearbeitet" werden soll.